Em Card-en-Ciel, os jogadores usarão mais de 300 cartas para lutar contra inimigos ao longo do jogo. Cada uma dessas cartas apresenta um personagem diferente de 31 jogos diferentes, tanto títulos reais desenvolvidos pela INTI CREATES quanto jogos imaginados inventados para o universo Card-en-Ciel.
Cada uma das masmorras roguelite em que os jogadores se aventuram apresenta um tema de um desses jogos e progride uma história principal que conduz o jogador por Card-en-Ciel para uma experiência JRPG completa.
A história começa no mundo VR quando o "Gaming Chair Detective" Neon chega para ajudar uma desenvolvedora, Ancie, quando seu jogo de estratégia em desenvolvimento é subitamente invadido por monstros de outras franquias de jogos famosas. Esta história digital toma um rumo estranho quando eles encontram "Nanakt", um homem misterioso que cria uma masmorra virtual no meio do mundo real!
